Laboratorij za masenu spektrometriju bit će opremljen s dva spektrometra masa. Jedan od spektrometara (hibridni spektrometru masa (kombinacija kvadrupola i Orbitrap-a) koji je spregnut s nano UHPLC sustavom) bit će namijenjen biokemijskim i proteomskim istraživanjima (analizi bioloških makromolekula i njihovih kompleksnih smjesa; posttranslacijskih modifikacija i proteoma). Drugi je spektrometra masa Q-TOF instrument s LC/MS sustavom prikladan za analizu malih organskih molekula i njihovih smjesa.